מנהיגי האיחוד האירופי הופתעו מאוד ממסיבת העיתונאים התיאטרלית משהו שקיים ב-30 באפריל ראש הממשלה בנימין נתניהו, כדי לחשוף לעולם שישראל שמה את ידה על הארכיון הסודי של תוכנית הגרעין האיראנית. באיחוד האירופי, הן במטה הראשי והן במדינות המובילות את האיחוד, התייחסו אל המצגת של נתניהו כאילו כוונה ישירות אליהם, במיוחד לאחר שנודע כי בממשל האמריקאי ידעו מראש על קיומם של אותם מסמכים. למעשה, בבריסל גילו שהבית הלבן, הסי-איי-איי ומזכיר המדינה האמריקאי, מייק פומפאו, קיבלו מראש תדרוך מלא מישראל. בניגוד לאיחוד האירופי.
גורם בכיר המקורב לנציגה העליונה של האיחוד האירופי לענייני חוץ וביטחון, פדריקה מוגריני, אמר לאל-מוניטור שבבריסל מעריכים מאוד את יכולות הביון של ישראל, ולא פחות מזה (אם כי ברמה אחרת) את כישוריו הרטוריים של ראש הממשלה. ואולם ההיבט הדרמטי ביותר של הגילויים האחרונים הוא המבצע להשגת המסמכים הפיזיים, ולא תוכנם.
האירופאים ביקשו מהסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית (סבא״א) בווינה לבחון את המסמכים לעומק. ואכן, רוב המסמכים שחשף נתניהו מהארכיון הסודי מתייחסים לתוכניות העבר של איראן בתחום הגרעין, וכבר היו מוכרים לאיחוד האירופי.
לדברי הגורם הבכיר, ההיכרות עם השאיפות הגרעיניות הללו של איראן היא בדיוק זו שהובילה לחתימה על הסכם הגרעין, או תוכנית הפעולה המשותפת והמקיפה (JCPOA). לטענתו, באופן שבו תיאר נתניהו את המסמכים הסודיים של איראן אין ראיות לכך שטהרן אינה מקיימת את סעיפי ההסכם. הבכיר, ששוחח עם אל-מוניטור בעילום שם, הוסיף: "הנשיא [ברק] אובמה ומנהיגי אירופה לא חתמו על ההסכם עם איראן מתוך אמון מלא בכוונות האיראנים; ההפך הוא הנכון, ועל כן גובשה מערכת הבקרה הקפדנית ביותר".
לדבריו, מסיבת העיתונאים של נתניהו רק חיזקה את נחישותה של הנהגת האיחוד האירופי לשמר את הסכם הגרעין עם איראן. באיחוד האירופי מוכנים לכנס את פורום המדינותP5+1 כדי לשאת ולתת על תוספות להסכם, על עמידותו לאורך זמן, וכן על תוכנית הטילים הבליסטיים של איראן ועל פעילותה האגרסיבית באזור. את ההצעה הזו העלה נשיא צרפת עמנואל מקרון בפגישתו עם הנשיא טראמפ ב-24 באפריל. מקרון הציע את הנקודות הללו כתוספת להסכם, ולא כתחליף.
על פי מקורות שונים, באיחוד האירופי, ברוסיה ובסין מחויבים להמשך קיומו של ההסכם, כדי למנוע מאיראן חזרה לתוכנית להעשרת אורניום.
האיחוד האירופי והמדינות החברות בו מסכימים עם ארה"ב וישראל שהמשטר באיראן מהווה איום על יציבות האזור, בהתחשב בשאיפותיו בסוריה, בלבנון ובתימן, וכן בהשפעתו הגוברת ברצועת עזה. ועם זאת, ההנהגה באירופה אינה מאמינה שפתרון הבעיה נעוץ במלחמה בין איראן לקואליציה בינלאומית. נהפוך הוא. זה רק יחזק את הנצים בטהרן, את כוהני הדת הקיצוניים ואת משמרות המהפכה. בנסיבות שכאלה, רוסיה חזקה תתמוך באיראן, ומלחמה שכזו עלולה להפוך למרחץ דמים חסר-תקדים. בבריסל, בפריז ובברלין מאמינים שמדיניות נוקשה מדי נגד איראן, וכן העמדת האופציה הצבאית כחלופה ריאלית למשא ומתן, עלולות לדחוף את האזור כולו למעגל קסמים של סכסוך, טרור ואפילו מלחמה.
באיחוד האירופי מאמינים שיש דרכים אחרות לפתור את הבעיה מול טהרן, כולל קידום הערוץ הדיפלומטי לשם חתימה על הסכם משופר, ובמיוחד שאלת קיימותו של ההסכם מ-2015.
בדיונים פנימיים המתקיימים בבריסל נשמעת ביקורת חריפה מאוד כלפי עמדותיהם של טראמפ ונתניהו. ראש ממשלת ישראל נתפס כמי שמשפיע על טראמפ לבחור באופציה הצבאית, ואף שוקל את הגברת המתקפות של ישראל נגד מתקני צבא של האיראנים בסוריה. המתקפה חסרת-התקדים כמעט מ-9 במאי נגד מטרות איראניות בסוריה מאששת את החששות הללו. לדברי הגורם הבכיר, מומחים בבריסל מייעצים שלא לזלזל בנכונותם של רבים במשטר האיראני, במיוחד במשמרות המהפכה של איראן, לפעול חד-צדדית נגד ישראל, בעיקר באמצעות חיזבאללה.
מסקנתו הייתה כי איראן בהחלט ראויה לגינוי, אלא שנתניהו "משחק באש" בכוונה תחילה, אולי כדי להשיג הישגים פוליטיים מבית. ועוד יותר מזה, בבריסל מזהים הקשחה בעמדתו של נתניהו גם בנושא הבנייה בהתנחלויות בגדה המערבית, וכן בסוגיית (ערעור) יסודות הדמוקרטיה בישראל. ולכן, מנקודת מבט אירופית, נוצר פער חסר-תקדים בין המדיניות, האינטרסים והערכים של אירופה, לבין אלו של ממשלת נתניהו.